Onze anos se passaram desde os eventos do primeiro jogo, para quem não lembrar a família de Alice morreu em um terrível incêndio, tragédia que levou a pobre garota a loucura. Internada em um manicômio a garota é finalmente liberada, depois de dez anos, sob os cuidados de um psiquiatra, mas de volta à Londres ela acaba sendo levada de volta ao distorcido País das Maravilhas.
